Основание в устье Двины города Новые Холмогоры (так до 1613 г. назывался Архангельск) было вызвано необходимостью перегрузки товаров с морских кораблей на мелководные суда, доставлявшие их в Холмогоры. В 42 км от Белого моря, на мысе Пур-Наволок, слегка выступавшем над болотистым правым берегом Двины, близ Михайло-Архангельского монастыря к тому времени уже стояли многочисленные склады, амбары и летние избы торговых людей из Холмогор, Вологды и Москвы, приезжавших на сезон навигации в этот перевалочный пункт. Присланными сюда в 1584 г. московскими воеводами Петром Афанасьевичем Нащокиным и Залешанином Никифоровым Волоховым был поставлен на мысу острог, включивший в себя и монастырь.
О срочности сооружения города свидетельствует грамота Ивана IV, предписывавшая воеводам «...город делать на том месте и по той мере, по росписи и чертежу, какову есть роспись и чертеж к вам прислали, наспех, теми посошными людьми, которую посоху к тому городовому делу есмя указали...»1. Трапециевидный в плане острог с двойными рублеными стенами, башнями и воротами на север, запад и юг был окружен рвом с тыном в нем и надолбами перед ним. Напротив него выстроили корабельную пристань, укрепив берег бревенчатым обрубом.
Помимо городской администрации и обитателей монастыря первыми жителями Новых Холмогор стали холмогорские и московские стрельцы. Близ юго-западных стен острога был разбит посад, заселенный 130 семьями крестьян из двинских деревень и содержавший также ряд дворов, принадлежавших монастырю. К открытию порта в 1587 г. с севера, ниже острога по течению Двины, поставили деревянные гостиные дворы — Русский и Немецкий для иноземных английских, голландских, немецких и других купцов. Между ними на площади соорудили таможню с важнями и амбарами, торговые лавки и многочисленные пристани. Позади них выросла иноземная слобода; северо-восточное ее были выстроены английские прядильный и канатный дворы.
Уже с конца 1580-х годов Архангельский порт стал средоточием русской внешней торговли, которая давала государственной казне около 60% всех ее доходов.
Увеличение торгового обмена со странами Северной Европы в первой половине XVII в. имело следствием интенсивность строительства на занимаемой городом узкой, окруженной болотами прибрежной полосе, что вызвало чрезвычайную плотность застройки. Показателен в этом отношении один из конфликтных эпизодов между воеводой и иностранными купцами, которые захватили места двух сгоревших близ острога церквей, быстро построив «...где были олтари и самое кладбище три амбара большие, из коих два на олтарном месте (церкви Параскевы), а позади амбаров, на кладбище—отхожие места»2.
Скученность деревянных строений порта вызывала постоянные пожары, после которых город «...возрождался снова с точным соблюдением всех тех гибельно-строительных условий, которые роковым образом продолжали снова испепелять его»3. После начавшегося в Михайло-Архангельском монастыре пожара 1637 г., который уничтожил его «...церкови и кельи, и воеводский двор, и полгорода от Двины-реки...», монастырь был выведен и построен «... выше города за версту, над Двиною же рекою, в Ночерах»4.
Новый этап градостроительного развития Архангельска явился результатом как возрастания его внешнеторговых оборотов, так и участившихся «пожарных случаев». После пожара 1667 г. «...присланы с Москве на Двину иноземцы градодельцы Петр Марселис да Вилим Шарф, а велено им осмотреть у Архангельского города место, где можно построить город и гостиные дворы каменные...»5.
Так во второй половине XVII в. была намечена полная реконструкция Архангельска с заменой его крепости и главных торговых и административных сооружений, до того деревянных, каменными.
Началом осуществления «учиненного» Марселиусом и утвержденного Московским правительством чертежа было возведение в камне Русского и Немецкого гостиных дворов на средства девяти городов Севера присланными оттуда людьми и стрельцами.
Возглавлял строительство мастер каменного дела Матиас Ан-уин, направленный в 1669 г. из Москвы; с мая 1671 г. ему помогали подмастерья Михаил Мартынов и Алексей Марков. Использовался местный камень, частично — голландский кирпич, преимущественно же кирпич, изготовляемый близ стройки.
В процессе строительства произошли отклонение от заданной прямоугольной формы плана и искажение намеченных размеров сооружения. Вследствие этого не хватило места для торговой площади меж гостиных дворов. Комплекс получил трапециевидную форму с изломом в сторону берега Двины.
В 1671 г. вместо умершего Анцина Приказ каменных дел прислал опытного мастера Дмитрия Старцева. Он предложил укрепить башнями огромное каменное сооружение гостиных дворов6, среднюю его часть расширить за счет Русского двора и использовать ее как городскую крепость и торговую площадь, отказавшись от возведения отдельно стоящего каменного города, предполагавшегося ранее.

В 1684 г. закончилось строительство этого необычного сооружения—гостиного двора-крепости. На протяженном, обращенном к порту главном фасаде ясно читалась центральная часть здания — каменный город, выделенный рядами бойниц стен и высокой башней над проездом, увенчанной символом государственной власти—двуглавым орлом. Средней башне по углам здания отвечали более низкие круглые башни, защищавшие Русский двор в южной части комплекса и Немецкий двор в северной его части. На противоположном фасаде над входом в каменный город высилась круглая башня, в которой размещалась приказная изба.
По внутреннему периметру гостиных дворов располагались два этажа складов (всего их — около 250). Их фасады были украшены ширинками, полукружия аркад обходных галерей выделены поребриком, а дверные проемы имели узорчатые кованые решетки. Во дворах находились деревянные амбары, важни, жилые помещения и поварни. В Немецком дворе помещалась таможня. Оба гостиных двора имели проезды на набережную. Напротив западного фасада сооружения к укрепленному обрубом берегу примыкали пристани—Английская, Голландская и Русская. Пространство между ними и гостиными дворами тесно заполняли амбары и лавки. Складские строения, лавки и торговые подворья тянулись также вдоль берега по обе стороны от гостиных дворов, поскольку в течение судоходного сезона Архангельск становился главным торгом страны, стягивавшим купечество Москвы и других городов.
Здание гостиных дворов Архангельска, «...самое грандиозное из подобного рода сооружений Русского государства в XVII в.»7, имело и важное оборонное значение ввиду назревавшей войны со Швецией. Плоские верхи угловых и центральной (Орловской) башен являлись площадками для пушек (раскатами). Благодаря этой выгодной позиции можно было держать под обстрелом главное направление вражеского приступа—реку.
Активная деятельность международного торгового порта преобразовала во второй половине XVII в. традиционную структуру того древнерусского города, каким Архангельск был в течение первого столетия своего существования. Его центром сделался порт. Прежний город—деревянный острог—оказался как бы отодвинутым в сторону (к югу) и потерял часть своих административных функций, поскольку приказная изба была выведена из него в «каменный город». Первооснова города—Михайло-Архан-гельский монастырь—еще ранее был перемещен на его южную периферию. Иностранная слобода потеснила русский посад к северной (до речки Кузнечихи) и восточной окраинам. К концу XVII в. и в последующее столетие город продолжал расти вдоль Двины.
Монументальная каменная масса гостиных дворов, поставленных по оси мыса, высилась над прибрежными портовыми строениями и при взгляде с Двины четко вырисовывалась на фоне верхов русских деревянных церквей и башен острога справа и завершений лютеранской и реформатской церквей и домов иноземной слободы слева. Таким сложился Архангельск к эпохе Петра I.
Напротив центра речной панорамы Архангельского города, у стрелки Кегострова, было отведено место для стоянки многочисленных прибывавших сюда иностранных судов. Именно оттуда, с палубы одного из голландских кораблей, сделал свой рисунок общего вида Архангельска известный путешественник Корнелиус де Бруин в 1701 г. В поле изображения он цифрами обозначил самые представительные сооружения портового города в устье Северной Двины, через который происходил интенсивный экономический и культурный обмен Русского государства с Европой.